A Főosztályon a Nemzeti Akkreditáló Hatóság által, az MSZ EN ISO 15189:2023 és az MSZ EN ISO/IEC 17025:2018 szabványok alapján akkreditált laboratóriumok működnek, melyek közül 19 Nemzeti Referencia Laboratórium és 3 WHO Referencia Laboratórium. Feladatuk a speciális diagnosztikai eljárások kivitelezése, szakmai módszertani fejlesztés és tanácsadás. A járványügyi virológia, bakteriológia, mikológia, parazitológia és tipizálás területén a hazai laboratóriumok között a legmagasabb szintű módszertani felkészültséggel zajlik a fertőző megbetegedések diagnosztikai, klinikai és járványügyi mikrobiológiai laboratóriumi vizsgálata a betegbiztonság és a járványügyi biztonság fenntartása érdekében.

A főosztály országos szinten diagnosztikai, járványügyi tipizálási hátteret biztosít a járványügyi jelentőséggel bíró baktériumok – nozokomiális járványok kórokozói, élelmiszerrel terjedő fertőzések kórokozói, zoonózisok kórokozói, szexuális úton terjedő bakteriális betegségek – vonatkozásában. Végzi ezen baktériumok antibiotikumrezisztencia-vizsgálatát és tipizálását, valamint a szexuális úton terjedő bakteriális kórokozók teljes körű mikrobiológiai vizsgálatát. Minden influenzaszezonban az egész országra kiterjedő integrált légúti surveillance vizsgálatokat (InfA, InfB, SARS-CoV-2, RSV, hMPV) végez, valamint országos szinten itt zajlanak a kanyarós, rubeolás esetek mikrobiológiai vizsgálatai. A klímaváltozással összefüggő, egyre nagyobb jelentőséggel bíró virális zoonózisok, például a nyugat-nílusi láz vírusa, vagy a Zika- és a Dengue-vírus diagnosztikája is kizárólag itt történik. 

Mikológiai és parazitológiai diagnosztikai vizsgálatokat folytat, behurcolható egzotikus vagy hazánkban ritka parazitózisok és mikózisok laboratóriumi diagnosztikáját végzi országos