Intézetünk törzsgyűjteménye, amely a WDCM (World Data Center for Mikroorganisms) jegyzékében a 258. sorszám alatt szerepel, főleg orvosi jelentőségű baktériumokat tart fenn. Mivel a törzsgyűjtemény a Nemzeti Népegészségügyi és Gyógyszerészeti Központ (korábban Országos Epidemiológiai Központ és Országos Közegészségügyi Intézet) szerves részét képezi és képezte alapítása óta, a klinikai mikrobiológia számos területének elsőrendű szakemberei gyarapították és kezelték ezeket a törzseket. A törzsgyűjtemény elsődleges funkciója a közegészségügy és a kórházi laboratóriumok, valamint kutató és oktató intézetek ellátása baktériumtörzsekkel.

Jelenleg a gyűjtemény közel 4000 törzset tart fenn, amelyek 60 genusba sorolhatók és több mint 250 baktériumfajt képviselnek. A törzsgyűjtemény több mint 2000 referenciatörzset tartalmaz (rendszertani vagy antigén típustörzsek és más, tudományos, oktatási vagy ellenőrző szempontból jelentős törzsek).

A kontroll referenciatörzseket felhasználhatjuk táptalajok, reagensek, antibiotikum érzékenységi és molekuláris diagnosztikai tesztek, sterilizációs folyamatok és diagnosztikai kitek ellenőrzéséhez. A törzseket megfelelőségi igazolással adjuk ki, amely információkat szolgáltat azok fenntartásáról, lejárati idejéről, pontos identifikációjáról, más törzsgyűjteményi számairól. A HNCMB a törzseket rendszertani szempontból konvencionális biokémiai, morfológiai és szerológiai vizsgálatok, továbbá MicroLog és mini API félautomata azonosító berendezések alkalmazásával határozta meg, manapság már MALDI-TOF rendszer bevonásával is végzi a feladatot. A törzsfenntartás fagyasztva szárítással (liofilizálás) és/vagy a fagyasztás különböző módszereivel (fagyasztás és tárolás gyöngyökön (-20), vagy (-70)-(-80) °C között). 2006.