A főosztály látja el a kórházhigiéne és infekciókontroll területén a nosocomiális járványok felügyeletét, a Nemzeti Nosocomialis Surveillance Rendszer (NNSR) moduljainak működtetését, mely az Országos Szakmai Információs Rendszerben (OSZIR) valósul meg. Az OSZIR-NNSR adatbázisa alapján közzéteszi a hazai adatokat az Európai Betegségmegelőzési és Járványügyi Központ (ECDC) surveillance rendszerébe. Mindemellett hazai szinten irányítja az ECDC által 5 évente megrendezésre kerülő európai pont-prevalencia vizsgálatokat.

Az infekciókontroll területén szakmai-módszertani támogatást nyújt a hazai fekvőbeteg-ellátó intézmények és a népegészségügyi hatóságok számára. A kormányzati döntéshozóknak javaslatot tesz a szakpolitikai programok kialakítására, a jogszabályok szükség szerinti módosítására, és tájékoztatást ad a hazai kórházi járványügyi helyzetről. Összesíti és értékeli a beérkezett vármegyei adatokat, továbbá célellenőrzéseket végez.

Alapfeladataként gyűjti, nyilvántartja és elemzi a bejelentésre kötelezett, fertőző betegségekre vonatkozó adatokat. Működteti a járványügyi döntéshozatalt megalapozó betegségspecifikus surveillance-okat. Országos szinten gyűjti és elemzi az életkorhoz kötött kötelező védőoltásokra vonatkozó adatokat.

Szervezi és koordinálja a légúti sentinel surveillance működését, elindítja és folyamatosan irányítja a kórházi influenza jelentőszolgálat működését. A légúti fertőzések szezonális időszakában heti tájékoztatót, a szezont követően pedig összefoglaló jelentést készít. A HIV/AIDS és az STD betegségek surveillance-ából származó adatokat negyedévente előkészíti közzétételre.

A Nemzeti Immunizációs Program megvalósításának érdekében részt vesz az oltóanyagok beszerzésére vonatkozó közbeszerzési eljárásokban. Megszervezi az életkorhoz kötött