A Munkahigiénés és Foglalkozás-egészségügyi Főosztály feladata és célja a munkahigiéné és a foglalkozás-egészségügy területén a tudományos kutató, preventív, egészségügyi ellátó, oktató, gyakorlati szervező, szakmai irányító feladatok magas szintű ellátása.

A főosztály végzi a foglalkozás-egészségügy szakmai irányítását, felügyeletét, a foglalkozási megbetegedés gyanújával beutalt munkavállalók magas szintű, teljes körű kivizsgálását, klinikai ellátását.

A főosztály multidiszciplináris szakmai tudásbázisként működik. Ellátja a munkaegészségügyi kutatási, szakértői, járóbeteg-ellátási feladatokat, valamint a foglalkozási megbetegedések felismerésével, ellátásával kapcsolatos területeken a legmagasabb, III. (országos) progresszivitási szint feladatait. Ehhez számos szakrendelést működtet, amelyek országos illetékességgel végzik a foglalkozási eredetű megbetegedések kivizsgálását, terápiáját, illetve a szakértői vélemények kiadásához szükséges vizsgálatokat.

Szakmai irányítóként a főosztály szakemberei jogszabályok által rendelt, a munkahelyek egészségügyi hatásaira irányuló vizsgálatokat végeznek (például fizikai és pszichés megterhelés, klimatikus és ergonómiai tényezők, többműszakos munkaszervezés mértéke és hatásai stb.). A főosztály tevékenységének része a bírósági, illetve egyéb hatósági megkeresésekre az igazságügyi szakértői feladatok ellátása is.

A főosztály pszichológiai vizsgálóhelyet működtet,