Az osztály kiemelt feladata az egészségmonitorozás módszertanának fejlesztése, valamint az epidemiológiai vizsgálati protokollok kidolgozása és korszerűsítése. Meghatározza és folyamatosan aktualizálja a magyar lakosság egészségi állapotának mérésére szolgáló indikátorrendszert, amely megalapozza az egészségügyi döntéshozatalt és a közegészségügyi beavatkozásokat.

Az epidemiológiai kutatások eredményei alapján átfogó információkat nyújt a lakosság egészségi állapotáról, különös tekintettel az iskoláskorú gyermekeket érintő iskola-egészségügyi adatgyűjtésre, valamint a népegészségügyi szempontból releváns populációs trendekre.

Ezen túlmenően az osztály tudományos megalapozottságú szakmai irányelvek és útmutatók kidolgozásában vállal szerepet, elősegítve az egészségügyi szolgáltatók számára nyújtott módszertani támogatást. Országos hatáskörben lát el szakmai felügyeletet az egészségügyi adatok és információk gyűjtése, elemzése, értékelése és az ezekre épülő információszolgáltatás területén, hozzájárulva a megalapozott népegészségügyi tervezéshez és a prevenciós programok kialakításához.

Az osztály országos szinten ellátja a veleszületett rendellenességek és ritka betegségek népegészségügyi felügyeletét. Ennek keretében szervezi és koordinálja a 1997. évi XLVII. törvény alapján elrendelt, egészségügyi és kapcsolódó személyes adatokra vonatkozó, veleszületett fejlődési rendellenességekkel és ritka betegségekkel kapcsolatos adatgyűjtést. Az adatgyűjtés célja a lakosság egészségi állapotának nyomon követése, a megelőző és beavatkozó intézkedések megalapozása.

Az osztály szoros szakmai együttműködést folytat a klinikai, kórházi és alapellátásban dolgozó egészségügyi szakemberekkel, valamint európai és nemzetközi szervezetekkel, kutatóintézetekkel és felsőoktatási intézményekkel. Részt vesz továbbá a veleszületett rendellenességek országos surveillance (felügyeleti) rendszerének működtetésében és menedzselésében.

Feladatkörébe tartozik a veleszületett fejlődési rendellenességekkel kapcsolatos szakmai, módszertani, kommunikációs, minőségbiztosítási és projekttervezési tevékenységek ellátása is. A folyamatosan gyűjtött adatokat statisztikai és epidemiológiai módszerekkel feldolgozza és elemzi, az eredményeket értékeli, publikálja, valamint adatokat szolgáltat hazai és nemzetközi szakmai adatbázisok számára.