A főosztály általános feladatként egészségfejlesztéssel foglalkozik, beleértve az egészségvédelmet, egészségnevelést és egészségmegőrzést, valamint egészségmonitorozást lát el. Ennek keretében a veleszületett rendellenességek és ritka betegségek surveillance-át, a nem fertőző betegségek epidemiológiáját és az egészséghatás-értékelést végzi. Emellett hatáskörébe tartozik az országos drogmegelőzési programok irányítása, ellenőrzése és felügyelete is. Országos adatbázisokat alakít ki és tart fenn, ennek érdekében meghatározza az adatgyűjtések, a vezetett nyilvántartások és jelentések szempontrendszerét, főbb tartalmát és teljesítési módját, biztosítja az adatbázisok adatainak felhasználhatóságát.

A főosztály végzi az Egészségfejlesztési Irodák (EFI) szakmai irányítását, folyamatos kapcsolatot tart velük, online képzéseket szervez számukra, és monitorozza a tevékenységüket. Külsős cégeknek munkahelyi egészségfejlesztési programokat tervez, segít a lebonyolításukban, méréseket végez, összesíti és kiértékeli az eredményeket. Ellátja az Egészségfejlesztés szakmai folyóirat szerkesztői munkálatait, és biztosítja a folyóirat online megjelenését. A kollégákkal való aktív kapcsolattartás érdekében működteti az egeszseg.hu weboldalt.

A főosztály kiemelt feladatai közé tartozik olyan komplex statisztikai és matematikai elemzések elvégzése, amelyek a rendelkezésre álló életmódbeli, megbetegedési, halálozási és demográfiai adatokon alapulnak, továbbá kiegészülnek a veleszületett fejlődési rendellenességek és ritka betegségek surveillance rendszere, valamint az iskolaegészségügyi adatszolgáltatás információival. Az elemzések célja a lakosság egészségi állapotát jellemző mutatók időbeli változásának feltárása, a megbetegedések populációspecifikus és kóroki sajátosságainak azonosítása, valamint a halálozási trendek alakulásának nyomon követése.

A főosztály feladata az iskolaegészségügyi adatok rendszeres feldolgozása, valamint a Veleszületett Rendellenességek Országos Nyilvántartásának (VRONY) több mint 30 évre visszanyúló adatainak statisztikai és epidemiológiai elemzése. Emellett a főosztály működteti a Ritka Betegségek Szakértői Bizottságát, amely szakmai támogatást nyújt a ritka betegségekkel kapcsolatos döntéshozatalhoz és irányelvek kialakításához.

A főosztály közreműködik a Nemzeti Drogellenes Stratégia végrehajtásában. Részt vesz a drogpolitikai célú programok kidolgozásában, valamint elősegíti a Kábítószerügyi Egyeztető Fórumok megalakulását, szakmailag támogatja és koordinálja az országos hálózat folyamatos működését. Ennek részeként nyilvános adatbázist működtet a kef.hu honlapon.

Ellátja a Kábítószerügyi Tanács működésével kapcsolatos titkársági feladatokat. Koordinálja a megelőző-felvilágosító szolgáltatások rendszerének működését, és kapcsolatot tart az elterelésben érintett más intézményekkel, szolgáltatókkal. Segíti a prevencióban érintett szakemberek és intézmények közötti együttműködést, javaslatokat fogalmaz meg, és szakértői tevékenységet folytat az iskolai egészségfejlesztési programok minőségének biztosítása érdekében.

A főosztály tevékenysége kiterjed a továbbképzésre is: a felsőoktatási intézményekből érkező hallgatók szakmai gyakorlatát vezeti.

Az Egészségfejlesztési Osztály lakossági és szakmai (regisztrációhoz kötött) aloldala ITT érhető el.