A Főosztály engedélyezi és ellenőrzi az egészségügyi szolgáltatók tevékenységét. Budapesten, valamint Debrecenben, Győrben, Kaposváron, Miskolcon, Szegeden és Veszprémben rendelkezik telephellyel.

Országos szinten számos egészségügyi szolgáltató engedélyezését és ellenőrzését végzi: hatáskörébe tartozik a fekvőbeteg-szakellátás, a mentés és betegszállítás, valamint a vérellátás, hemodialízis, sejt- és szövetbanki, biobanki, in vitro fertilizáció, klinikai genetikai, genetikai tanácsadási, molekuláris genetikai laboratóriumi diagnosztikai tevékenység is. Szintén a főosztály engedélyezi és ellenőrzi azoknak a szolgáltatóknak a működését, amelyek a fekvőbeteg-ellátás mellett járóbeteg-ellátást is nyújtanak, illetve az ügyeleti szolgáltatást nyújtó háziorvosi és házi gyermekorvosi szolgáltatókat is, ha az ügyeleti ellátásról az állami mentőszolgálat gondoskodik. A szolgáltatók felett szakmai felügyeletet is gyakorol, és javaslatot tesz létesítésről, fejlesztésről, megszüntetésről és módosításról.

Irányítja a szolgáltatók működését is: dönt a kapacitásokról, az ellátási területekről és az átcsoportosításokról, továbbá kivizsgálja a panaszokat, közérdekű bejelentéseket is. Az ellátás javítása érdekében szervezeti, szervezési intézkedéseket javasol.

Hatósági feladatkörében hozzájárulást ad a szervek és szövetek Magyarországról külföldre, illetve