A főosztály elsődleges tevékenysége a környezetben lévő radioaktív anyagok mennyiségének és hatásának nyomon követése. E területen szerteágazó feladatokat lát el: hatáskörébe tartozik az embereket érő ionizáló sugárzások vizsgálata, a radioaktív anyagok mennyiségének meghatározása a minket körülvevő környezeti elemekben és az élelmiszerekben. Emellett méréseken, illetve számításokon alapuló sugárvédelmi szakvéleményeket készít a nem-ionizáló sugárzásnak kitett dolgozók, illetve a lakosság környezeti és személyi expozíciójáról. Sugárvédelmi szempontból vizsgálja a nem-ionizáló sugárzást kibocsátó berendezéseket és a sugárzás elleni védőeszközöket.

Azok a személyek, akiket munkájuk során sugárterhelés érhet, hatósági személyi dózismérőt viselhetnek. Ezek kiértékelését és a kapcsolódó adminisztratív feladatokat az Országos Személyi Dozimetriai Szolgálat (OSzDSz) részleg végzi.

A főosztály munkatársai végzik az orvosi berendezések minőségellenőrző átvételi- és állapotvizsgálatát annak érdekében, hogy a pácienseken végzett, ionizáló sugárzással járó eljárások biztonságosak legyenek. Szintén fontos feladat a sugársérült vagy arra gyanús személyek biodozimetriai vizsgálatokkal történő beazonosítása és azt követő egészségügyi ellátása, valamint a sugársérültek orvosi ellátására kijelölt egészségügyi intézmények szakmai felkészítésében való közreműködés.

A főosztály az ionizáló és a nem-ionizáló sugárzások területén akkreditált vizsgáló laboratóriumot működtet, sugárvédelmi tanfolyamokat szervez, valamint sugáregészségügyi készenléti ügyeleti szolgálatot működtet. A szolgálat a radioaktív anyaggal vagy ionizáló sugárzást kibocsátó berendezéssel kapcsolatban a rendkívüli esemény kezeléséhez szükséges sugáregészségügyi feladatok meghatározását és a végrehajtás szakmai irányítását